解题思路：根据题意分析可知：控制花色的4对等位基因分别位于4对同源染色体上，符合基因的自由组合定律．又花色的深浅与个体所带显性基因数目有关，而与基因种类无关，属于数量遗传的相关分析与计算，所以子代表现型由显性基因的数目决定．
根据一对杂合体Aa×Aa的子代基因型为AA、Aa和aa三种，比例：1：2：1，所以基因型为AaBbDdEe的个体自交，子代花色的基因型有3×3×3×3=81种，基因型为aaBbDDEe个体的比例为[1/4]×[1/2]×[1/4]×[1/2]=[1/64]．又子代花色深浅与显性基因个数有关，由于有四对等位基因控制，所以子代个体中显性基因个数有8个，7个，6个，5个，4个，3个，2个，1个，0个9种情况，共9种表现型．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查遗传规律相关知识，意在考查学生能运用所学知识与观点以及从文字中获取信息能力，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论的能力．