（1）甲厂的收费y（元）与印刷数量x（份）之间的函数关系式为：y=x+1000；
乙厂的收费y（元）与印刷数量x（份）之间的函数关系为：y=2x；
（2）根据题意可知,若找甲厂印刷,设可以印制x份,则：3000=x+1000,
解得：x=2000；
若找乙厂印刷,设可以印制x份,则：3000=2x,
解得：x=1500．
所以,甲厂印制的宣传材料多一些；
（3）设印刷x份时,在甲厂印刷合算．
根据题意可得：x+1000＜2x,
解得：x＞1000．
∴当印制数量大于1000份时,在甲厂印刷合算．