解题思路：根据题干分析，12：3：1是9：3：3：1的变式，说明F1是双显性杂合子，设为AaBb，且只要有A存在就表现为性状1，没有A存在但有B存在时表现为性状2，没有A、B存在时表现为性状3．F1测交：AaBb×aabb→AaBb（性状1）、Aabb（性状1）、aaBb（性状2）、aabb（性状3），即测交后代的性状分离比是2：1：1．
两对等位基因的自由组合中，正常情况下F1自交后代F2的性状分离比为A_B_：aaB_：A_bb：1aabb=9：3：3：1，AaBb测交的基因型为AaBb Aabb aaBb aabb比例为1：1：1：1；若F2的性状分离比为12：3：1，说明正常情况下F2的四种表现型中的两种（A_B_和A_bb或A_B_和aaB_）在某种情况下表现为同一种性状，则F1测交后代的性状分离比为2：1：1．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因的自由组合定律的相关知识，意在考查学生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．