解题思路：时刻是指某一瞬时，时间是指两个时刻之间的间隔．根据时间与时刻的概念去分析选择．
A、火车在早晨6点10分从上海站开出，对应一个时刻．故A错误．
B、由于时间是连续的，第5s末与火车共运行了12小时，对应一段时间间隔．故B正确．
C、火车在9点45分到达终点站，对应一个时刻．故C错误．
D、火车在8点到达了中途站南京站，对应一个时刻．故D错误．
故选：B
点评：
本题考点： 时间与时刻．
考点点评： 本题考查对时间与时刻的理解和判断能力．也可抓住在时间轴上，时间用一段线段表示，时刻用一个点表示来理解．