解题思路：苹果的红果皮（A）和绿果皮（a）为一对相对性状，圆形果（R）和扁形果（r）是另一对相对性状，两对相对性状遵循基因的自由组合定律．红圆的基因型为A_R_、红扁的基因型为A_rr、绿圆的基因型为aaR_、绿扁的基因型为aarr．红圆、红扁、绿圆三个纯系品种的基因型依次是AARR、AArr、aaRR．
（1）假若现有红圆、红扁、绿圆三个纯系品种，要培育绿色扁形果，选择杂交的两个亲本P1、P2应是红果皮扁形果和绿果皮圆形果，基因型分别是AArr和aaRR．
（2）P1AArr×P2aaRR→F1AaRr，然后F1自交．这样处理得到的后代表现型共有2×2=4种，基因型有3×3=9种，其中重组类型的比例为A_R_+aarr=[3/4]×[3/4]+[1/4]×[1/4]=[10/16]=[5/8]．
（3）因为绿扁是双隐性组合，只要出现就是纯合子，所以能直接从F2中选出所培育的品种．
故答案为：
（1）红果皮扁形果 绿果皮圆形果 AArr aaRR
（2）自交 49 [5/8]
（3）能 因为绿扁是双隐性组合，只要出现就是纯合子
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用
考点点评： 本题考查基因的自由组合定律的实质及应用相关知识点，意在考查学生对所学知识的理解与掌握程度，培养学生判断基因型和表现型的能力以及相关的计算能力．