鉴于你说的情况,可以用12%的试一下.
如果分不开,可以考虑用梯度电泳试试.具体方法搜索一下western blot梯度凝胶
一般溴酚蓝只是前沿距凝胶底部1cm左右就应该停止电泳.
一般SDS-PAGE浓度越高孔径越小,越适合分离低分子量的蛋白.