（1）载体两性电解质pH梯度等电聚焦电泳是在支持介质中放入载体两性电解质,当通以直流电时,两性电解质即形成一个由阳极到阴极逐步增加的线性的PH梯度（预电泳）.当蛋白质放进此系统时,靠近阳极的侧的蛋白质处于酸性环境中,带正电荷向负极移动；靠近阴极的侧的蛋白质处于碱性环境中,带负电和向正向移动,最终都聚焦于其等电点相当的PH位置上,形成不同的蛋白质区带.目前在样品分析中趋向于选用超薄水平板式,具有分析样品多,两性电解质用量少,结果重复性好等优点.
（2）固相pH梯度等电聚焦是基于凝胶中的固相pH梯度.这些具有弱酸或弱碱性物质的丙烯酰胺衍生物共价结合到聚丙烯酰胺凝胶介质形成pH梯度后,带电的蛋白质分子便开始向自己的等电点位置迁移,直到到达自己的等电点.