解题思路：A、根据分子、原子和离子都是构成物质的微粒进行解答；
B、根据原子可以通过得到或失去电子形成离子进行解答；
C、根据原子的结构和电子的性质进行解答；
D、根据由分子构成的物质发生化学变化时，分子本身发生改变进行解答．
A、分子、原子和离子都是构成物质的微粒，故A正确；
B、原子可以通过得到或失去电子形成离子，故B正确；
C、原子是由原子核和核外电子构成，其中电子的质量可以忽略，所以原子的质量几乎都集中在原子核中，故C正确；
D、由分子构成的物质发生化学变化时，分子本身发生改变，故D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；原子的定义与构成；原子和离子的相互转化．
考点点评： 了解分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；学生应明确分子和原子都是微观粒子，明确其区别和联系，能够认识不同变化中分子和原子的变化．