（1）将该装置放在光下，叶室内的叶片会进行光合作用：吸收二氧化碳，产生氧气；因此空气通过叶室后气体分析仪能测到含量逐渐减少的气体是二氧化碳．
（2）光合作用的原料是二氧化碳和水，产物是有机物和氧气，条件是光，场所是叶绿体；在书写光合作用的表达式时都不能漏掉．
（3）植物的光合作用只在光下进行，因此用该装置测定叶片的呼吸作用，要把装置放在黑暗处，以避免植物进行光合作用而影响实验现象．
（4）A、种子在萌发的过程中并不能进行光合作用，因此验证黄豆种子的呼吸作用产生二氧化碳，没有必要放在黑暗处；故不符合题意．
B、为了确保实验结果只是由实验变量的不同引起的，就应当使这两种环境中除实验变量不同外，其它条件都相同；要探究“唾液对淀粉的消化”的作用，就要以唾液为变量形成对照实验，因此可以用清水和唾液形成对照．故符合题意．
C、为保证实验的准确性、避免实验的偶然性、减少实验的误差，需要对实验设置重复组，或进行多次实验，取其平均值；例如在测定种子的发芽率时需重复测定，取平均值．故不符合题意．
D、为排除叶片内原有淀粉对实验的干扰，必须对实验材料进行暗处理，以便将叶片内原有的淀粉运走耗尽；这样才能证明叶片内的淀粉是在实验过程中产生的．故不符合题意．
故选：B
故答案为：（1）二氧化碳；被叶片的光合作用消耗了．
（2）
（3）放置在黑暗处
（4）B