(1)主链(backbone)：由脱氧核糖和磷酸基通过酯键交替连接而成.主链有二条,它们似麻花状绕一共同轴心以右手方向盘旋, 相互平行而走向相反形成双螺旋构型.主链处于螺旋的外则,这正好解释了由糖和磷酸构成的主链的亲水性. 所谓双螺旋就是针对二条主链的形状而言的.
(2)碱基对(base pair)：碱基位于螺旋的内则,它们以垂直于螺旋轴的取向通过糖苷键与主链糖基相连.同一平面的碱基在二条主链间形成碱基对.配对碱基总是A与T和G与C.碱基对以氢键维系,A与T 间形成两个氢键. DNA结构中的碱基对与Chatgaff的发现正好相符.从立体化学的角度看,只有嘌呤与嘧啶间配对才能满足螺旋对于碱基对空间的要求, 而这二种碱基对的几何大小又十分相近,具备了形成氢键的适宜键长和键角条件. 每对碱基处于各自自身的平面上,但螺旋周期内的各碱基对平面的取向均不同.碱基对具有二次旋转对称性的特征,即碱基旋转180°并不影响双螺旋的对称性. 也就是说双螺旋结构在满足二条链碱基互补的前提下,DNA的一级结构产并不受限制.这一特征能很好的阐明DNA作为遗传信息载体在生物界的普遍意义.
(3)大沟和小沟：大沟和小沟分别指双螺旋表面凹下去的较大沟槽和较小沟槽.小沟位于双螺旋的互补链之间,而大沟位于相毗邻的双股之间.这是由于连接于两条主链糖基上的配对碱基并非直接相对, 从而使得在主链间沿螺旋形成空隙不等的大沟和小沟. 在大沟和小沟内的碱基对中的N 和O 原子朝向分子表面.
(4)结构参数：螺旋直径2nm；螺旋周期包含10对碱基；螺距3.4nm；相邻碱基对平面的间距0.34nm.