解题思路：在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据．思考解答．
A、由分析可知，在研究生物的进化的过程中，化石是重要的证据，但不是唯一的证据，如胚胎学证据等，常用的研究方法是比较法，A错误；
B、越古老的地层中，形成化石的生物越简单、低等、水生生物较多．越晚近的地层中，形成化石的生物越复杂、高等、陆生生物较多，因此可以证明生物进化的总体趋势是从简单到复杂，从低等到高等，从水生到陆生．B正确；
C、由进化树可知，植物的进化顺序为藻类植物→苔藓植物→蕨类植物→种子植物，符合生物进化规律，C正确；
D、1860年，在德国巴伐利亚省的石灰岩层中，发现了第一个始祖鸟化石．始祖鸟的身体大小如乌鸦，它保留了爬行类的许多特征，例如嘴里有牙齿，而不是形成现代鸟类那样的角质喙；指端有爪等；但是另一方面，始祖鸟又具有鸟类的一些特征，如已经具有羽毛，在一些骨骼形态上也表现出一些鸟类特征或过渡特征，如它的第三掌骨已经与腕骨愈合，总之，它的身体结构既和爬行动物有相似之处，又和鸟类有相同之处，根据以上特征，科学家认为始祖鸟是由古代爬行类进化到鸟类的一个过渡类型，鸟类起源于古代的爬行类，D正确．
故选：A
点评：
本题考点： 生物进化的历程．
考点点评： 解答此题的关键是熟练掌握生物进化的证据和历程．