16S 核糖体RNA（16S ribosomal RNA,或简称为 16S rRNA）是原核生物的核糖体中30S 亚基的组成部分.16S rRNA的长度约为1,542 nt.一个细菌的细胞中可包含多种具有不同序列的16S rRNA
已知16S rRNA具有如下几项功能：
16S rRNA具有与原核生物核糖体大亚基中的23S rRNA相似的结构决定功能,可作为核糖体蛋白质结合的架构.在足量Mg2+存在下分离到的16S rRNA处于紧密状态,其空间结构与30S 亚基的大小和形状十分相似.
16S rRNA的3'端含有能与mRNA上游AUG起始密码子通过氢键结合的反夏因-达尔加诺序列.另有发现表明,16S rRNA中1,505－1,539的CCUCC序列与mRNA的相应序列有互补关系.
16S rRNA能通过氢键与23S rRNA结合,增强原核生物70S 核糖体一大一小两个亚基（50S 亚基与30S 亚基）结合时的稳定性.
16S rRNA能通过其1,492及1,493的腺嘌呤残基（参见嘌呤分子结构图解）的N1原子与mRNA骨架上的2'OH基团之间产生氢键,使核糖体A位密码子－反密码子的碱基互补配对稳定化.
通用前体
由于不同种的真细菌与古细菌间的16S rRNA基因（16S rDNA）是高度保守的,16S rDNA常被用于对各种生物进行的系统发育学方面的研究这种运用16S rRNA对生物进行系统发育学研究的方法由卡尔·沃斯（Carl Woese）开创.另外,线粒体和叶绿体中的rRNA也都被扩增了.在获得能提供系统发育学信息的16S rRNA分子时需要利用通用PCR引物对16S rRNA分子进行扩增.16S rRNA序列的对比分析需要在这类“通用引物”的脱氧核糖核酸分子的辅助下完成,这类分子具有如下序列：
8UA正向：5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'
519B反向：5’-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
反向：ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT
这类引物因并未在近期发现的几种属于纳古菌门（Nanoarchaeota）的热液古菌中分离识别出来,也被称为准通用引物.