解题思路：DNA重组技术至少需要三种工具：限制性核酸内切酶（限制酶）、DNA连接酶、运载体．作为运载体必须具备的条件：①要具有限制酶的切割位点；②要有标记基因（如抗性基因），以便于重组后重组子的筛选；③能在宿主细胞中稳定存在并复制；④是安全的，对受体细胞无害，而且要易从供体细胞分离出来．
A、限制酶的作用是识别特定核苷酸序列，并在特定的位点切割DNA片段，包括切割目的基因和运载体，故A错误；
B、重组质粒是在细胞外用DNA连接酶形成，故B错误；
C、天然的质粒不能直接作为载体，基因工程中用到的质粒都是在天然质粒的基础上进行过人工改造的，故C错误；
D、在蛋白质工程中，可根据氨基酸的顺序推测密码子，进而推出DNA中碱基序列，故D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术．
考点点评： 本题主要考查基因工程的相关知识，意在考查学生的识记和理解能力，难度不大．