解题思路：“一秆双穗”植株在当代出现，属于显性突变，且该植株为杂合子，可以通过自交获得“一秆双穗”纯合子植株．基因突变在显微镜下观察不到．单倍体育种过程：花药离体培养获得单倍体植株，再人工诱导染色体数目加倍，最后筛选出人们所需的品种．
A、突变性状在当代就显现，说明该突变为隐性基因变为显性基因引起的，A错误；
B、突变株为杂合子，其自交可产生“一秆双穗”的纯合子，B正确；
C、基因突变不会导致基因所在的染色体形态变化，所以观察有丝分裂中期细胞染色体，无法判断发生基因突变的位置，C错误；
D、将该株水稻的花粉离体培养后还需诱导染色体加倍，再筛选才能获得稳定遗传的高产品系，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因突变的特征；细胞有丝分裂不同时期的特点．
考点点评： 本题考查基因突变和育种的相关知识，首先要求考生识记基因突变的概念及特征，能根据题干信息推测该突变属于隐性突变还是显性突变；其次还要求考生掌握单倍体育种的方法，再判断选项选出正确的答案．