what did he say?- 表示他说了什么,（我想知道,我没听见）
what does he say?- 表示他说了什么,(我咋的听不明白!）
（括号内为潜台词,
另外也可以这么看：
同样是和第二个人说第三个人,说what did he say的时候,第三个人一般不在旁边.你问第二个人,他说了什么?
说what does he say的时候,第三个人很可能就站在旁边,而且才刚刚讲完那句你想知道他说什么的话,可惜的是你没听懂.所以你转头,对着第二个人说：what does he say?
第三个人站在旁边的时候也可以说what did he say,这种情况下的意思就是你没有听见他说了什么,可不还意思问,所以问第二个人他刚才说了啥,而不是表示你听不懂.