蛋白质作为生命活动的体现者,参与绝大多数的生物学过程,因此蛋白质成为了抗击病原体的最重要的靶标.比如病菌入侵人体往往需要病菌表面的识别分子与人体细胞表面相应的受体蛋白相互作用,如果能找到一种药物分子抑制这种结合,就能阻止病原菌的入侵.为了能设计出高效的药物分子,最好的方法就是根据蛋白的三维结构设计相应的药物分子,然后通过实验的方法验证药物效果,这就是所谓“基于结构的药物设计”.举例说明,很多人源病毒在人体细胞中复制时都会有其自身特有的DNA复制酶,抑制DNA复制酶的活性就可以抑制病毒的复制从而控制病情.如果我们已知病毒DNA复制酶的三维结构,我们就可以依据其活性位点所在的环境设计特异性结合其酶活性位点的小分子药物,卡住活性位点使其酶活丧失,达到控制病毒增殖的目的.在具体实验中,往往会设计很多小分子,再通过实验手段验证其中哪些有效,进一步开发临床用药.所以,研究药物分子与蛋白质相互作用为我们特异性的寻找药物指示了方向,提供了手段,让药物设计更加高效,特异,可控.