解题思路：高倍显微镜仅能观察到叶绿体，观察到叶肉细胞中叶绿体的基粒需用电子显微镜；通过追踪含有放射性同位素的中间产物，用放射性同位素标记法可以追踪细胞内的物质代谢途径；用纸层析法可以分离植物细胞中的各种光合色素，提取色素则需用有机溶剂，人工设计、制作生态缸时，运用了建构物理模型的方法．
A、高倍显微镜不能观察到叶肉细胞中叶绿体的基粒，需用电子显微镜才能观察到，A错误；
B、通过追踪含有放射性同位素的中间产物，用放射性同位素标记法可以追踪细胞内的物质代谢途径，B正确；
C、用纸层析法可以分离植物细胞中的各种光合色素，提取则需用有机溶剂，C错误；
D、人工设计、制作生态缸时，运用了建构物理模型的方法，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 观察线粒体和叶绿体；叶绿体色素的提取和分离实验；生态系统的稳定性．
考点点评： 本题考查了生物学的基础实验及其原理，意在考查学生的应用和实验探究能力，试题难度中等．