如图,
∵⊙O是直角三角形ABC的内切圆,
∴CEOF是正方形,
∴AF=AD=4;BE=BD=6
设⊙O的半径为r,则CE=CF=r
∴(4+r) 2+(6+r) 2=(4+6) 2∴r=2.
∴内切圆的半径是2.
故选D.