解题思路：A、根据原子可以分为原子核和核外电子考虑；B、根据碳单质的物理性质不同的原因考虑；C、核外电子排布相同的粒子可能是原子、离子，所以不一定是同种元素的原子；D、由同种元素组成的纯净物才是单质．
A、原子可以分为原子核和核外电子，所以原子不是最小的粒子，故A错；
B、金刚石、石墨、C60的物理性质存在很大差异的原因是构成它们的碳原子排列方式不同，造成物理性质差别很大，故B正确；
C、核外电子排布相同的粒子可能是原子、离子，例如钠离子与氖原子核外电子排布相同，故C错；
D、由同种元素组成的纯净物才是单质，由一种元素组成的物质不一定是纯净物，例如氧气和臭氧，属于混合物，故D错．
故选B．
点评：
本题考点： 原子的定义与构成；纯净物和混合物的概念；核外电子在化学反应中的作用；碳元素组成的单质．
考点点评： 解答本题关键是要知道原子还可以再分，知道单质的定义，熟悉核外电子排布相同的粒子可能是原子、离子，知道碳单质的物理性质不同，化学性质相同的原因是碳原子排列不同．