男性的性染色体X和Y是一对同源染色体吗?

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是.
性染色体是决定生物体不同性别的同源染色体.
详细：
性染色体是决定生物体不同性别的同源染色体,有X染色体,Y染色体和W、Z染色体（有些动物如 silkworm moth Bombyx mori,在其雌性体中是异体配子）,在这种情况下W染色体是雌性决定因素（ZW型）,雄性是ZZ型.哺乳动物性染色体形状、行为和功能都不同于常染色体,通过性连锁的方式传递基因.人类X染色体占大约全基因组的5％,Y染色体占单倍型基因组的大约2％～3％,在Y染色体上发现了约40个基因,许多Y基因是无功能的假基因.