解题思路：构成蛋白质的基本单位是氨基酸，其结构特点是每种氨基酸分子至少都含有一个氨基和一个羧基，并且都有一个氨基和一个羧基连接再同一个碳原子上，这个碳原子还连接一个氢原子和一个侧链基团．
氨基酸在核糖体上通过脱水缩合的方式形成多肽，连接两个氨基酸分子的化学键叫做肽键，用化学式-NH-CO-表示．
在蛋白质分子合成过程中：失去水分子数=肽键数=氨基酸数-肽链数．
A、氨基酸分子中含有一个氨基和一个羧基、还连接一个氢原子和一个侧链基团，由于甲硫氨酸的R基是-CH2-CH2-S-CH3，将R基代入，可得甲硫氨酸的分子式是C5H11O2NS，A正确；
B、由于每种氨基酸分子至少都含有一个氨基和一个羧基，分子式为C63H105O45N17S2的多肽链化合物中，含N数量为17，所以最多由17个氨基酸脱水缩合而成，形成的多肽中最多含有的肽键数目是17-1=16个，B正确；
C、两个氨基酸脱水缩合过程中失去的H2O是由氨基中的-H和羧基中的-OH结合而成，所以H2O中氧来源于羧基，C正确；
D、生物体中组成蛋白质的氨基酸分子有20种，氨基酸不同是根据R划分的，因此，如果有三种氨基酸甲、乙、丙，则它们的R基不同，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质分子的化学结构和空间结构．
考点点评： 本题考查氨基酸和蛋白质的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．