解题思路：由题意分析，亲本红眼和白眼，子代全是红眼可判断出显隐性关系，再根据子二代在雌雄性中的性状情况可判断基因所在的染色体．
A、由题干已知红眼雌果蝇与白眼雄果蝇交配，子代雌雄果蝇都表现红眼，所以红眼为显性性状，白眼为隐性性状，A正确；
B、由题意分析，亲本红眼和白眼杂交，子代全是红眼，子二代出现了红眼和白眼，符合孟德尔一对相对性状的遗传实验，所以眼色遗传符合分离规律，B正确；
C、由题意分析可知控制眼色的基因在X染色体上，表现为伴性遗传，C错误；
D、子代雌雄果蝇交配产生的后代中，红眼雄果蝇占[1/4]，白眼雄果蝇占[1/4]，红眼雌果蝇占[1/2]，即红眼有雄果蝇也有雌果蝇，白眼全部是雄果蝇，故可判断红眼和白眼基因位于X染色体上，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 伴性遗传．
考点点评： 本题考查伴性遗传相关知识点，意在考查学生对伴性遗传规律的理解与掌握程度，培养学生析题解题的能力．