A、原子由位于原子中心的原子核与核外电子组成,故A错误;
B、原子结构与太阳系很相似,电子就像行星绕太阳运动一样在绕原子核运动,故B正确;
C、原子核由带正电的质子与不带电的中子组成,故C错误;
D、电子不能用肉眼直接观察到,故D错误;
故选B.