解题思路：常考的真核生物：绿藻、衣藻、真菌（如酵母菌、霉菌、蘑菇）、原生动物（如草履虫、变形虫）及动、植物．
常考的原核生物：蓝藻（如颤藻、发菜、念珠藻、蓝球藻）、细菌（如乳酸菌、硝化细菌、大肠杆菌等）、支原体、放线菌．
此外，病毒既不是真核也不是原核生物．
A、变形虫和草履虫属于原生动物，而木耳是真菌，它们的细胞结构有所区别，A错误；
B、大肠杆菌是原核生物，而烟草和草履虫都是真核生物，它们的细胞结构有较大差异，B错误；
C、大豆和番茄都是高等植物，而银耳属于真菌，它们的细胞结构有所区别，C错误；
D、酵母菌、灵芝和蘑菇都是真菌，它们的细胞结构最相似，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同．
考点点评： 本题考查细胞结构和功能、原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同，首先要求考生能准确判断题中各种生物所属的类别；其次要求考生识记原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同，识记动植物细胞的异同，能根据题干要求选出正确答案．