原理上的不同：贝克生物指数是一个简易的计算生物指数的方法,并依据指数的大小来评价水体污染程度,选用数据是底栖大型无脊椎动物分为的敏感种和耐污种的种数.而生物种类多样性指数中Margalef多样性指数涉及到底栖大型无脊椎动物的生物总个数和生物种类数,Shannon多样性指数则涉及到单位均面积样品中收集到的各类指示动物的总个数、单位面积样品中收集到的各种指示动物的个数和单位面积样品中的指示动物种类数.
贝克生物指数优点：监测操作较为容易.
生物种类多样性指数：能较好地评价水域被有机物污染的状况,但由于影响其变化的因素是多方面的,如生物的生理特性、水中营养盐的变化等,故将其与各种生物数量的相对均匀程度及化学指标相结合,才能获得更可靠的评价结果.