解题思路：A．化学反应的最小微粒是原子；
B．绿色化学即对环境友好型化学，要求原料物质中所有的原子完全被利用且全部转入期望的产品中，原子的利用率100%；
C．煤和焦炭的成分不同；
D．化学研究的方法如常规的逻辑方法、模型方法、假说、理论方法、数学方法等．
A．化学反应的最小微粒是原子，研究质子和中子的结构是物理研究范围，故A错误；
B．通风厨的作用在于防止实验操作员近距离吸入大量的有毒气体，而进行的隔离操作，不是从源头上消除污染，故B错误；
C．煤和焦炭的成分不同，没有可比性，故C错误；
D．化学研究的方法如常规的逻辑方法、模型方法、假说、理论方法、数学方法等，化学实验方法并不是化学研究的唯一手段，故D正确．
故选D．
点评：
本题考点： 化学的发展趋势；绿色化学；反应热和焓变．
考点点评： 本题考查化学的发展趋势、绿色化学等，难度中等，注意化学研究的方法如常规的逻辑方法、模型方法、假说、理论方法、数学方法等．