可以笼统地说水是光合反应的原料之一,光合作用所生成的氧来自于水分子.如果再细究的话,就涉及到光反应过程了.
光合作用包括光反应和暗反应,光反应包括两个步骤：(1)通过原初反应完成光能的吸收、传递和转换的过程.(2)通过电子传递和光合磷酸化完成电能转变为活跃的化学能的过程.
简单地说：在光反应过程中,叶绿素分子吸收光能,被激发出一个高能电子.该高能电子被一系列传递电子的物质有规律地传递下去.同时叶绿素分子由于失去一个电子,就留下一个空穴,这空穴立刻从电子供体得到一个电子来填补,使叶绿素分子恢复原来状态,准备再一次被激发.这样,叶绿素分子不断被激发,不断给出高能电子,又不断地补充电子,就完成了从光能到电能的过程（原初反应）,而这个补充电子就来自于水的光解.水分子的分解产生氧、质子（H+）和电子（e-）,其中的氧被释放出来（就是常说的植物光合作用过程中放出的氧气）,质子和辅酶Ⅱ（NADP）结合,形成还原型辅酶Ⅱ（NADPH),叶绿素接受水分子来的电子而恢复原来的非激动状态,以便再吸收光能.由此,光反应的结果,就将光能转化为可利用的化学能,储存在了ATP和还原型辅酶Ⅱ的分子中.
暗反应包括一系列酶促反应,最终把二氧化碳同化为有机物.上述光反应过程中生成的ATP和还原型辅酶Ⅱ（NADPH)参与其中的3-磷酸甘油酸的还原过程.