小麦在贮藏中的劣变与陈化涉及到一系列的生物化学方面的变化,其中糖类变化的总趋势包括非还原糖和总糖的减少以及还原糖的增加.这一变化是由小麦原有成分的分解过程所造成的.淀粉是构成小麦的主体,在所有成分中所占比例最大,淀粉在贮藏期间的主要变化是糊化温度升高,黏度降低,可溶性直链淀粉含量减少等.脂类在小麦中的总含量平均约为3%,糊粉层和胚部含脂肪较多,胚乳中含脂肪较少,但胚乳中含有较高的类脂物如磷脂.脂肪在贮藏期间的变化主要分为水解和氧化,脂肪水解的结果产生游离脂肪酸,使脂肪酸值升高.因此,脂肪酸值是小麦常用的品质劣变指标.小麦在不良条件下贮藏,脂肪酸值会迅速上升.脂肪的氧化作用形成一些不稳定的过氧化物,过氧化物继续分解,最后形成具有异味的低分子醛、酮、酸类物质,使小麦变哈、变苦.严重时不仅影响小麦的气味、滋味,还会使小麦带毒,甚至完全失去食用价值.
小麦蛋白质中最重要的部分是面筋.正常条件下贮存的小麦蛋白质变化很慢,在贮藏期间蛋白质的变化类型包括水解和变性,其中以变性较为明显,过高温度烘干小麦易引起蛋白质的凝固变性；粮堆发热随着温度的升高,可能会使其完全失去形成面筋的能力.蛋白质变性后的主要变化是溶解度和吸水能力减小,面筋的弹性及延伸性变差,甚至完全丧失.小麦发热或烘干不当,都有可能导致蛋白质变性.变性后的小麦不能作为种子使用.
小麦在贮藏期间的另一特殊劣变现象是褐胚,这是指小麦在贮藏期间,特别是含水量偏高、易感染霉菌、贮藏条件不善的情况下胚部变成棕色、深棕甚至黑色,褐胚粒常被称作“病”麦或“胚损伤”麦.褐胚的发生与酶促褐变、非酶促褐变及霉菌的感染有关.出现褐胚的小麦一般发芽率、生活力低,游离脂肪酸升高,同时对小麦的工艺品质也有一定的影响,制出的面粉灰分含量高、色深、筋力差,加工成食品的品质下降.