解题思路：植物在光照条件下进行光合作用，光合作用分为光反应阶段和暗反应阶段，光反应阶段在叶绿体的类囊体薄膜上进行水的光解，产生ATP和[H]，同时释放氧气，ATP和[H]用于暗反应阶段三碳化合物的还原．
①光反应的物质变化为水的光解和ATP的合成，其中ATP的合成需要酶的催化，故①错；
②光合作用暗反应中，C3的还原过程中有水生成，故②正确；
③在光反应过程中，水分解成氧气和[H]，氧气不是最后阶段产生，故③错；
④光合作用的反应物是二氧化碳和水，由于二氧化碳中没有H，因此光合作用产物葡萄糖中的H来源于水，故④正确；
⑤光合作用的实质是合成有机物，储存能量，将不含能量的无机物合成储存能量的有机物，故⑤正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 光反应、暗反应过程的能量变化和物质变化．
考点点评： 此题主要考查植物的光合作用的物质和能量变化，比较基础，学生只要熟记相关基础知识就能准确作答．