解题思路：题中信息“它们在个体之间具有显著的差异性”体现了DNA分子的特异性．本题所提出的是一个测定DNA序列的应用性问题，但所测定的这些序列有两个特点可作为推断答案的依据：一是这些序列是不表达的；二是它们之间具有显著的差异性．
A、根据题干信息“在人类染色体DNA不表达的碱基对中”可知该短序列不能表达产生蛋白质，因此不能用于生产基因工程药物，A错误；
B、由以上分析可知短序列体现了DNA分子的特异性，可用于侦查罪犯，B正确；
C、短序列不表达，不能用于遗传病的产前诊断，C错误；
D、把正常基因导入病人体内有缺陷的细胞中，使该基因的表达产物发挥功能，从而达到治疗疾病的目的，而该短序列不表达，不能用于基因治疗，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： DNA分子的多样性和特异性．
考点点评： 本题考查DNA分子的特异性及应，要求考生理解DNA的特异性，掌握基因工程生产药物、基因诊断、基因治疗的基本原理，了解DNA序列分析技术在基因工程领域中多方面的可能应用等知识．