that, what都可以引导主语从句.即整个从句做主语.
试看：that he loves her is so obvious.（他爱她）是很明显的.
what he just said is very funny.（他刚才说的一番话）真是有趣极了.
既然都可以引导主语从句,那两者有什么区别呢.
区别就在于：that作为引导词,本身不在从句中不担当成份,只是一个符号的作用.你看：that he loves her这个从句中,that能做从句he loves her的什么成份没有?所以that只是一个符号,指代的是“他爱她”这个事实.
而what作为引导词,则本身在主语从句里是要做成份的.它本身是名词性的,所以可以在从句中做主语或者作宾语.
先看之前的例句：
（what he just said）is very funny.前面的主语从句中,what是引导词,本身又是从句中said 的宾语,因为是“他说的那番话”.
所以现在来看你的原句：如果是选A的话,that we call a computer.那么“我们叫电脑”这件事的事实,可以做为is really a kind of tool的主语吗?显然不可以,某件事怎么实际上是某种工具了呢?
再来看what we call a computer.这样说的意思就是“我们所称之为电脑的东西”. we call what a computer,如果你还看不出语序的话.