解题思路：基因自由组合定律的实质是：位于非同源染色体上的非等位基因的分离或自由组合是互不干扰的；在减数分裂过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合．据此答题．
豚鼠黑毛对白毛为显性（控制该对性状的基因位于常染色体上），用A、a表示，则杂合黑色雄豚鼠可表示为AaXY．根据基因自由组合定律，该雄性能形成四种比例相等的配子，即AY、AX、aY、aX，可见同时含有白毛基因（a）和Y染色体的精子占[1/4]．所以，同时含有白毛基因和Y染色体的精子数目为2000×[1/4]=500万个．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用；细胞的减数分裂．
考点点评： 本题考查基因自由组合定律的实质及应用，首先要求考生能根据题干信息写出该雄性个体的基因组成；其次要求考生掌握基因自由组合定律的实质，并能据此判断精子的种类及比例，进而计算出同时含有白毛基因和Y染色体的精子数目．