（1）根据种子萌发的外界环境条件有：一定的水分、充足的空气和适宜的温度，自身条件是有完整而有活力的胚及胚发育所需的营养物质，从理论上判断，六粒种子中只有2具备种子萌发的外界条件，因此能萌发的是2．因为1号种子所处的环境中缺水水分，因此不能萌发．3号种子浸没在水中，缺少空气，因此不能萌发．5号种子所处的环境温度太低，即没有适宜的温度，因此种子不能萌发，只有2号种子能够萌发的原因是具备萌发条件．
（2）对比性的探究实验应注意变量的唯一性即只有一个变量，对比5号种子与2种子的实验结果可知，只有一个变量是温度；对比3号种子与2种子的实验结果可知，只有一个变量是空气；1和3只有两个变量：水分和空气，因此不能形成对照、
故答案为：（1）2；（2）能，只有一个变量；不能；有两个变量