设线段MN的中点P(x,y),所以M的坐标为(x,2y),
因为M在等轴双曲线x 2-y 2=r 2上,所以x 2-(2y) 2=r 2,
所以线段MN的中点P的轨迹方程:x 2-4y 2=r 2.
故答案为:x 2-4y 2=r 2.