解题思路：DNA重组技术至少需要三种工具：限制性核酸内切酶（限制酶）、DNA连接酶、运载体．常用的运载体：质粒、噬菌体的衍生物、动植物病毒，作为运载体的必备条件之一是要有抗性基因，抗性基因可以是抗生素抗性基因或荧光标记基因．
A、基因工程经常以抗生素抗性基因为标记基因，A错误；
B、通过转基因技术可获得抗虫的粮食作物，这样可以减少农药使用，粮食的产量也有所增加，B正确；
C、在基因工程，通常使用同一种限制酶切割目的基因和运载体，使它们产生相同的黏性末端，以便形成重组质粒，C错误；
D、基因工程中常用的工具酶有DNA连接酶、限制性核酸内切酶，运载体不属于工具酶，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术．
考点点评： 本题属于简单题，属于考纲中识记层次的要求，考查了基因工程的操作工具、标记基因等方面的知识，要求考生能区分工具和工具酶、目的基因和标记基因等知识．