解题思路：分析题图：图示为通过DNA分子杂交鉴定含有某特定DNA的细菌克隆示意图，先采用DNA分子杂交鉴定含有某特定DNA的细菌，再采用放射自显影显示原培养皿中含有特定DNA的细菌菌落位置，最后进行克隆化培养．
A、根据培养皿中菌落数只能估算样品中含有的活菌数目，A错误；
B、外源DNA必须位于重组质粒的启动子和终止子之间才能表达，而复制需要有复制原点，B错误；
C、重组质粒与探针能进行分子杂交是因为DNA分子的碱基互补配对原则，C错误；
D、放射自显影结果可以显示原培养皿中含有特定DNA的细菌菌落位置，因为菌落附着在膜上的位置是固定的，放射自显影后可以一一对应起来，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术；用大肠杆菌为材料进行平面培养，分离菌落．
考点点评： 本题结合题图，考查细菌培养和基因工程的有关知识，要求考生识记基因工程的技术和原理、识记细菌培养的相关知识，能运用所学的知识对各选项作出准确的判断，属于考纲识记和理解层次的考查．