A、分子是保持物质化学性质的最小粒子；故本选项错误；
B、在任何化学变化过程中，原子都不能被分开，化学变化的实质是原子的重新组合．所以说，原子是化学变化中的最小粒子；故本选项正确；
C、化学变化中一般含有物理变化，但是物理变化中不包含化学变化；故本选项错误；
D、催化剂是在化学反应里能改变其他物质的化学反应速率，而本身的质量和化学性质在反应前后都没有发生变化的物质，使化学反应加快的催化剂，叫做正催化剂；使化学反应减慢的催化剂，叫做负催化剂．所以，催化剂是化学反应中的作用不一定都是加快物质反应速率的；故本选项错误．
故选B．