解题思路：细胞核由核膜、核仁、染色质和核基质组成，染色质的组成成分是蛋白质和DNA，DNA是遗传信息的载体．细胞核是遗传的信息库，是细胞代谢和遗传的控制中心．
A、DNA主要存在于细胞核中，细胞核是遗传物质储存和复制的主要场所，A正确；
B、控制细胞的代谢和遗传的细胞核的功能之一，B正确；
C、控制细胞器进行物质合成、能量转换等的指令主要是mRNA，mRNA是通过核孔从细胞核到达细胞质的，C正确；
D、核孔是大分子物质进出细胞核的通道，但是DNA分子不能进出细胞核，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞核的结构和功能．
考点点评： 本题知识点简单，考查细胞核的功能，要求考生识记细胞核的功能，明确细胞核是控制中心的原因是其含有遗传物质，再结合所学的知识作出准确的判断，属于考纲识记层次的考查．