解题思路：阅读题干和题图可知，本题涉及的知识是生物多样性，明确知识点，梳理相关的基础知识，并解析题图结合问题的具体提示综合作答．
（1）从图2可看出S5与S6物种数量相等，正确的取样面积应为S5．
（2）生物多样性包括基因多样性、物种多样性、生态系统多样性．A、B、C、D之间的形态差异是个体水平，属于生物多样性中的物种多样性．
（3）由于辛普森指数D1＜D2＜D3，所以三个群落的生物多样性为群落1＜群落2＜群落3．
故答案为：
（1）S5
（2）物种
（3）生物多样性：群落1＜群落2＜群落3，原因是辛普森指数D1＜D2＜D3
点评：
本题考点： 估算种群密度的方法；生物的多样性．
考点点评： 本题考查种群的特征、群落的结构特征、生物多样性保护的意义和措施的相关知识，意在考查考生能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论的能力；识图能力和具备验证简单生物学事实的能力，并能对实验现象和结果进行解释、分析和处理的能力．