解题思路：1、同源染色体的概念是：减数分裂过程中配对的两条染色体形态和大小一般相同，一条来自父方、一条来自母方，这样的两条染色体称为同源染色体；
2、果蝇的性别决定是XY型，雌性果蝇的两条性染色体大小形态相同，为XX，雄性果蝇的两条性染色体大小形态不同，为XY；位于性染色体上的基因，在遗传过程中与性别相关联，叫伴性遗传，伴性遗传同样遵循孟德尔的遗传规律．
（1）如果只考虑等位基因A和a，则群体中果蝇的基因型最多有AA、Aa和aa三种；如果等位基因B和b位于X、Y染色体的同源区，只考虑这对基因，则这个群体中雄性个体最多有XBYB、XBYb、XbYB、XbYb四种．
（2）若从染色体结构角度分析，X、Y染色体含有同源区段，因此X、Y染色体大小、形态不同，但仍然属于同源染色体；从减数分裂过程中染色体行为上分析，减数第一次分裂前期，X、Y染色体能够发生联会，因此X、Y染色体大小、形态不同，但仍然属于同源染色体．
（3）Y染色体Ⅲ区段是非同源区段，在区段基因遗传具有限雄性遗传的特点；X、Y染色体同源区上基因的遗传也与性别相关联，如若XbXb×XbYB，后代雄性全为显性性状，雌性全为隐性性状，与性别有关．
故答案为：
（1）3 4
（2）X、Y染色体含有同源区 减数第一次分裂前期，X、Y染色体能够发生联会
（3）限雄遗传（该基因控制的性状只出现在雄性个体中） 不正确 若XbXb×XbYB，后代雄性全为显性性状，雌性全为隐性性状，与性别有关
点评：
本题考点： 伴性遗传．
考点点评： 本题旨在考查学生对性别决定和伴性遗传的理解和掌握，把握知识的内在联系并应用相关知识对于生物学问题进行解释、推理、判断的能力．