在第1阶段中,各种能源物质循不同的分解代谢途径转变成乙酰辅酶A. 在第2阶段中,乙酰辅酶A（乙酰CoA）的二碳乙酰基,通过三羧酸循环转变为CO2和氢原子. 在第3阶段中,氢原子进 有氧呼吸与无氧呼吸的区别
入电子传递链（呼吸链）,最后传递给氧,与之生成水；同时通过电子传递过程伴随发生的氧化磷酸化作用产生ATP分子.
第一阶段 C6H12O6酶→细胞质基质=2丙酮酸（C3H4O3)+4[H]+能量（2ATP） 第二阶段 2丙酮酸（C3H4O3)+6H2O酶→线粒体基质=6CO2+20[H]+能量（2ATP） 第三阶段 24[H]+6O2酶→线粒体内膜=12H2O+能量（34ATP） 总反应式 C6H12O6+6H2O+6O2酶→6CO2+12H2O+大量能量（38ATP
可见是第三阶段