解题思路：所谓平行关系即两者的行为要表现一致．基因是有遗传效应的DNA片段，染色体的主要成分是蛋白质和DNA分子；基因在染色体上呈线性排列．
A、在减数分裂过程中，同源染色体分离、等位基因分离，说明基因、染色体在生殖过程中的完整性和独立性，A正确；
B、体细胞中基因、染色体成对存在，减数分裂产生的配子中二者都是单一存在，B正确；
C、受精作用是指精子和卵细胞结合，形成受精卵，所以体细胞中成对的基因、同源染色体都是一个来自母方，一个来自父方，C正确；
D、在减数第一次分裂后期，等位基因随同源染色体的分离而分离、非同源染色体上的非等位基因自由组合，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因与DNA的关系．
考点点评： 本题考查基因和染色体行为的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题的能力．