A、漏斗下端的管口要紧靠烧杯内壁是正确的,故不可选;
B、漏斗内液体的液面低于滤纸边缘,故可选;
C、滤纸的边缘要低于漏斗口是正确的,故不可选;
D、玻璃棒要靠在三层滤纸的一边是正确的,故不可选.
故选B.