解题思路：根据题意和图示分析可知：图1为某蛋白质的肽链结构示意图，其中数字为氨基酸序号，该蛋白质是由124个氨基酸脱水缩合形成，含有一条肽链．图2为图1部分肽链的放大图，其中①是氨基、②④⑥⑧表示R基、③⑤⑦表示肽键、⑨是肽键的一部分．
A、由图1可知该蛋白质中含有1条肽链124个氨基酸，所以肽键数=氨基酸数-肽链数=124-1=123个，A错误；
B、图2中含有的R基是②④⑥⑧，B错误；
C、图2的R基团中含有2个羧基（⑥⑧），可推知该肽链至少含有3个游离的羧基（124号氨基酸还含有一个游离的羧基），C错误；
D、该蛋白质的形成经过脱水缩合，失去123个水分子，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题结合肽链结构示意图，考查蛋白质的合成--氨基酸脱水缩合，要求考生识记蛋白质的合成场所，掌握氨基酸脱水缩合过程，能准确判断图2个数字的含义，能根据图中信息准确判断各选项，属于考纲识记和理解层次的考查．