主要是方法不同吧
酶谱法的基本过程是先将样品进行SDS-聚丙烯酰胺（SDS-PAGE,含0.1％明胶）电泳分离,然后在有二价金属离子存在的缓冲系统中使样品中的 MMP-2（基质金属蛋白酶-2）和MMP-9 恢复活性,在各自的迁移位置水解凝胶里的明胶,最后用考马斯亮蓝将凝胶染色,再脱色,在蓝色背景下可出现白色条带,条带的强弱与MMP-2 和MMP-9 活性成正比.复性原理：在电泳过程中,SDS 与样品中的MMPs 结合（当然是可逆性结合）,破坏其氢键、疏水键而使MMPs 不能发挥其分解明胶的作用,而只有当将胶置 Trition 中洗脱（最好是放在摇床上摇,30min／次,做2 次或15min/次,4 次.
而western blot采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳,被检测物是蛋白质,“探针”是抗体,“显色”用标记的二抗.经过PAGE分离的蛋白质样品,转移到固相载体（例如硝酸纤维素膜NC膜）上,固相载体以非共价键形式吸附蛋白质,且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变.以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原,与对应的抗体起免疫反应,再与酶或同位素标记的第二抗体起反应,经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分.该技术也广泛应用于检测蛋白水平的表达.