解题思路：本题主要考查了现代生物进化理论的内容．
种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种形成．在这个过程中，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、自然选择是通过对个体生存的选择作用而影响种群的基因频率的变化，A正确；
B、基因突变的不定向的，生物进化的方向是由自然选择决定的，B错误；
C、二倍体西瓜与四倍体西瓜之间虽然能杂交形成三倍体西瓜，但三倍体西瓜是高度不育的，因此二倍体西瓜与四倍体西瓜之间存在生殖隔离，C错误；
D、种群的基因频率发生改变并不意味着形成了新物种，新物种形成的标志是产生生殖隔离，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容．
考点点评： 本题的知识点是生物进化的实质，自然选择在进化中的作用对象和结果，生殖隔离的概念，物质新物种形成的标志，对于现代生物进化理论内容的理解是解题的关键．