解题思路：阅读题干可知，该题的知识点是有氧呼吸与无氧呼吸的反应式及相关计算，氨基酸脱水缩合反应过程中氨基酸数、肽链数、脱去的水分子数之间的关系，用分解组合法解决基因的自由组合定律的问题，根据种群的基因型频率计算种群的基因频率，梳理相关知识点，然后分析选项进行解答．
A、氨基酸脱水缩合形成肽链的过程中脱去的水分子数=氨基酸数目-肽链数，因此100氨基酸合成二条肽链，脱去98个水分子，A正确；
B、1mol葡萄糖有氧呼吸释放的二氧化碳是6mol，1mol葡萄糖无氧呼吸释放的二氧化碳是2mol，因此消耗等量的葡萄糖，无氧呼吸产生CO2的量是有氧呼吸的[1/3]，B错误；
C、Aa自交基因型三种，表现型是2种，Bb自交，基因型是2种，表现型是2种，CC自交，基因型、表现型都是1种，因此基因型AaBbCC的个体自交，后代表现型有2×2×1=4种，基因型有3×3×1=9种，C正确；
D、种群中BB=18%，Bb=78%，bb=4%，因此B是基因频率=18%+[1/2]×78%=57%，b的基因频率=4%+[1/2]×78%=43%，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 无氧呼吸的概念与过程；蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合；有氧呼吸的过程和意义；基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题旨在考查学生理解所学知识的要点，把握知识的内在联系，并利用相关知识进行计算的能力．