解题思路：DNA与RNA相比，DNA特有的是脱氧核糖和胸腺嘧啶，RNA特有的是核糖和尿嘧啶． DNARNA基本单位脱氧核苷酸核糖核苷酸碱基A（腺嘌呤）、C（胞嘧啶）、G（鸟嘌呤）T（胸腺嘧啶）A（腺嘌呤）、C（胞嘧啶）、G（鸟嘌呤）U（尿嘧啶）五碳糖脱氧核糖核糖磷酸磷酸磷酸
A、DNA聚合酶的化学本质是蛋白质，基本单位是氨基酸，A错误；
B、烟草花叶病毒的遗传物质是RNA，特有碱基是尿嘧啶，B错误；
C、ATP的结构简式是A-P～P～P，其中A代表腺苷，A包括腺嘌呤和核糖，P代表磷酸基团，C错误；
D、线粒体含有DNA，DNA特有的碱基是胸腺嘧啶，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 核酸的种类及主要存在的部位；DNA与RNA的异同．
考点点评： 本题考查酶、RNA、ATP、线粒体的化学成分，意在考查学生识记能力、理解能力，属于中档题，解题的关键是胸腺嘧啶“T”是DNA特有的碱基．