1.反向PCR：其基本点是用适当内切酶裂解核心区外分子,使这些酶切片段自身连接形成环状分子,从而将边侧区域转化为内部区域.用与核心区末端同源的引物,但其3’端趋向未知区域,可以进步用PCR扩增中的未知区域.
2..接头PCR技术：接头PCR技术的原理为,首先设计一个长链接头和一个与之互补的短链接头,并在短链接头的3’端形成一个酶切位点的粘性或平末端,然后选用能形成该酶切位点末端的限制性内切酶酶切基因组,形成大量大小不一的酶切片段,将这些片段与接头连接,取适量连接产物为模板,一端以接头引物,另一端以基因特异引物进行两轮嵌套PCR反应.
3..热不对称交错式PCR技术：TAIL-PCR技术的基本原理是利用目标序列旁侧的已知序列设计3个嵌套的特异引物,用它们分别和1个具有低Tm值的短随机简并引物相结合,以基因组DNA作为模板,根据引物的长短和特异性的差异设计不对称的温度循环,通过分级反应扩增特异产物.
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