解题思路：在双链DNA分子中，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，即A-T、C-G，而互补配对的碱基两两相等，所以A=T，C=G，则A+G=C+T，即嘌呤碱基总数=嘧啶碱基总数=碱基总数的一半．
mRNA是以DNA的一条链为模板转录而来的，若mRNA有90个碱基，则转录该mRNA的DNA含有碱基数为90×2=180个．根据碱基互补配对原则，DNA双链中嘧啶碱基数占碱基总数的一半，所以转录该mRNA的DNA分子所含的嘧啶数目为90个．
故选：D．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点；遗传信息的转录和翻译．
考点点评： 本题考查DNA分子结构的主要特点、遗传信息的转录和翻译，要求考生识记转录的概念，能根据mRNA中碱基数目推断DNA中碱基数目；再根据碱基互补配对原则计算出该DNA分子中嘧啶数．